Em 24 de maio de 1927 foi formado o Club Deportivo Universitario, nascido da união dos clubes Náutico Universitario, Internado, Universitario de Atletismo e Federación Universitaria. Por consenso, os seus integrantes decidem adotar no escudo do novo clube uma coruja (que já era parte integrante do escudo do Náutico Universitario).

Na década de 1930, o Club Deportivo Universitario competia na série amadora da Associação de Santiago. Em 1936, ganhou o campeonato da série B, em 1937, voltou a ganhar o torneio e solicitou o ascenso à Primeira Divisão. Esse ano passou a se chamar Club Deportivo Universidad de Chile, já que os estudantes da Universidad Católica, que também militavam no Club Deportivo Universitario, se retiraram para formar o clube próprio àquela universidade, que não possuía equipe profissional.

Ambos solicitaram o ingresso na série profissional, mas os dirigentes estimaram que somente uma equipe universitária poderia ser promovida. Para definir qual dos clubes iria ascender, os dirigentes optaram por que as equipes jogassem uma partida com uma equipe profissional da primeira divisão.

Elenco da Universidad de Chile, em 8 de abril de 1938.

A Universidad Católica teve de enfrentar o Colo-Colo, perdendo por 6 a 2, enquanto a Universidad de Chile enfrentou o Audax Italiano, empatando por um gol no tempo regulamentar. Seguindo igualados na prorrogação, a partida teve de ser definida na "morte súbita" (gol de ouro), na qual o Audax Italiano converteu o gol do triunfo. "La U" definitivamente perdia o encontro por 2 a 1. No entanto, a digna atuação da Universidad de Chile deixou os dirigentes da associação de futebol satisfeitos e estes aceitaram o ingresso da equipe azul na primeira divisão. Em 29 de maio de 1938, ocorria a estréia na Primeira Divisão, enfrentando no Campo de Sports de Ñuñoa o poderoso Club Deportivo Magallanes.

Balé Azul

Leonel Sánchez, jogando pela Universidad de Chile.

Durante a década de 1960, a Universidad de Chile alcançou seu apogeu no plano nacional e internacional com um elenco repleto de talentos, conquistando seis campeonatos entre 1959 e 1969 (incluindo um bicampeonato em 1964-65). Os meios de comunicação chamaram-na "Balé Azul", devido ao bom futebol mostrado em cada uma de suas partidas. Também cabe destacar que dentro da Seleção Chilena de Futebol, que alcançou o terceiro lugar na Copa do Mundo de 1962, mais da metade dos integrantes eram membros da Universidad de Chile.

Graças ao esplendor mostrado pelas figuras dentro da Copa do Mundo, a Universidad de Chile foi convidada para várias partidas no Velho Continente, onde chegou a derrotar ao campeão europeu, a Internazionale de Milão.

Do Balé à crise

Após a desaparição de grandes figuras do clube, somada a uma profunda crise econômica agravada ainda mais após a desvinculação da instituição com a universidade de Bello, o clube entrou em uma crise esportiva que teve seu ápice no ano de 1989 com o descenso para a Primeira B (também chamada de Segunda Divisão). Após lutar vários anos consecutivos na liga de promoção, ocorreu o inevitável descenso ao empatar com o Cobresal e descer por diferença de gols. Durante o mesmo ano, iniciou-se uma separação no interior da barra oficial (o império azul), formando-se a atual barra "Los de Abajo". Durante sua breve estadia na segunda divisão, "La U" consegue o ascenso no mesmo ano após derrotar o Curicó Unido por 3 a 0.

Novamente em cima

Marcelo Salas foi o artilheiro da Copa Chile de 1994 e é uma das maiores referências do clube.

Após a presidência do doutor René Orozco, a universidade volta a lutar pela ponta e consegue finalmente em 1994, com um plantel que se destacavam figuras como Marcelo Salas, Sérgio Vargas e Patrício Mardones, arrebatar o campeonato contra Universidad Católica. A partida definitiva, algumas rodadas antes do final foi selado após o único gol de Salas. Chegada a última rodada, a Universidad devia ao menos empatar contra o Cobresal. No meio do segundo tempo da partida, Cobresal vencia por 1 a 0, e o juiz marcou uma falta, ainda que duvidosa, foi pênalti que foi transformado em gol pelo meio campista Patrício Mardones.

Com esforço, foi mantida a equipe para 1995 e La "U" se sagrou bicampeão, após vencer o Deportes Temuco por 2 a 0, no Nacional. Este ano marcou a chegada do último grande 10 que se viu em la "U", o argentino Leonardo Rodriguez. E este campeonato foi novamente uma grande batalha com a Universidad Católica, que é novamente vice.

Em 1996, la "U" faz sua última grande campanha internacional. Na mão do argentino Miguel Angel Russo, la "U", em sua condição de Campeão Chileno, disputa a Taça Libertadores da América, onde após uma grande campanha consegue alcançar as semifinais do torneio, devido a arbitragem duvidosa, foi eliminada pela equipe argentina do River Plate. Esse ano, la "U" não fez uma grande campanha no Campeonato Chileno, ficando somente em 5º lugar.

Nos últimos anos, a Universidad de Chile voltou a alcançar um bicampeonato nacional durante 1999, ano em que La "U" consegue a façanha de 34 jogos invicto, e em 2000, sob o comando de César Vaccia, e com revelações como Rodrigo Tello, Alex von Schwedler, Jorge Guzmán, Sebastián Pardo junto aos valores consolidados como Sérgio Vargas, Leonardo Rodriguez, Johnny Herrera (que já jogou no Sport Club Corinthians Paulista), Pedro González, Cristián Castañeda, entre muitos outros.

Últimas glórias e Ressurreição

A Universidad do Chile conquistou, em 2004, o torneio Apertura do campeonato chileno, após definição por pênaltis contra o Cobreloa, com destaque para Johnny Herrera, Diego Rivarola e Sergio Gioino.

Depois disso, o clube viveu uma crise econômica que terminou por desencadear uma quebra da instituição, o que não impediu que a Universidad conseguisse chegar por duas vezes consecutivas a final do campeonato (2005-2006), contra Universidad Católica e Colo-Colo, respectivamente, nas primeiras finais da história dos torneios curtos contra os rivais históricos.

Juan Manuel Olivera, fez o gol do título na final do Torneo Apertura de 2009, contraUnión Española.

Em 2009, conquistou mais um título do torneio Apertura, ao derrotar o Unión Española por 1 a 0, na casa do adversário, tendo chegado às quartas-de-finais da Copa Sul-Americana, quando foi eliminada pelo Fluminense (2 a 2 e 0 a 1).

Em 2010 disputa a Copa Libertadores da América. Após eliminar o Flamengo nas quartas de final do torneio pelo critério de gols marcados fora (vitória de 3 a 2 fora de casa e derrota de 2 a 1 em casa), o time está nas semifinais onde enfrenta o Chivas. Na primeira partida no México, empate em 1 a 1. Mas a glória durou pouco e acabou sendo eliminada em casa pelo placar de 2 a 1.

A equipe da Universidad de Chile visita o Palácio de La Moneda, logo após conquistar a Copa Sul-Americana de 2011.

Em 2011, voltou a vencer o Torneio de Apertura ao derrotar o arquirrival Universidad Católica, na última partida, por 4 a 1. Nesse mesmo ano conseguiu conquistar seu primeiro título internacional na história, a Copa Sul-Americana, passando por Fénix e Nacional do Uruguai, Flamengo e Vasco da Gama, Arsenal de Sarandída Argentina e Liga de Quito do Equador. Em 29 de dezembro, a Universidad de Chile ganha o bicampeonato após o empate sem gols em Calama e a vitória de 3 a 0 sobre o Cobreloa na final do Torneio de Clausura, um novo recorde, conquistando pela primeira vez na história do futebol chileno a tríplice coroa, ao ser campeão do Torneio de Apertura, a Copa Sul-Americana e o Torneio de Clausura. Foi vice-campeão da Copa Suruga Bank de 2012.

Rivalidades

Seus grandes rivais são os times do Colo-Colo, com quem joga um clássico que passou a gerar alto interesse a partir dos anos 1950 no futebol chileno, e da Universidad Católica, com quem joga o tradicional Clássico Universitário, choque que já produziu 16 confrontos decisivos desde 1909.